货运代理业的营业税按照税法上的规定，其计税依据确实是所取得手续费收入。一般来说，代理单位应就取得的代理收入开具发票给被代理者，这样，就可以直接按照发票收入申报纳税了。但是在实际中，代理单位为了收回自己代理过程中支出的费用，将这部分费用支出一并在发票中收取，对此，当前税收上没有考虑这部分支出的扣除问题，也就是说，税法规定不能扣除包括运费，报关费，商检费等，还是要按发票全额征税。
对此问题的处理我觉得可以这样考虑：
1、将一些可以直接开给被代理单位的费用如运费，报关费，商检费等，要求开具被代理单位的名称，代理人先垫付，后再转给被代理单位，只就代理费等其他收入开票。这样就可以减少部分计税依据。
2、和当地主管税务部门联系报告，要求按差额征税。有的税务部门可能会从实际出发，帮助纳税人解决问题。同时也会引起税务部门的重视，也许下次会重新制定合理的税收政策。