从事货物运输的代开票纳税人在代开发票时，缴纳营业税3%，城建税0.21%（3%*7%），教育费附加0.09%（3%*3%），个人所得税3.3%（现在已经改为2.5%）合计6.6%（现在改为5.8%）。这是从事货物运输业务代开票纳税人缴纳税款的综合税率。
而取得货物运输发票的增值税一般纳税人，货物运输费用的扣除率为7%是根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第八条第（四）项规定的，本条规定：购进或者销售货物以及在生产经营过程中支付运输费用的，按照运输费用结算单据上注明的运输费用金额和7%的扣除率计算的进项税额。进项税额计算公式：
进项税额=运输费用金额×扣除率
因此，对于一般纳税人的运输费用按照7%的扣除率计算的进项税额
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